自然人和法人作为股东最主要的区别在于成本不同、风险不同、资金投入不同、收益纳税不同这四点。
成本不同
对于任何一家公司而言，公司的设立以及运营都是需要成本的。我们不考虑正常经营时的人工等等成本，即使只是一个壳公司，那至少也会带来如记账费用(增加财务人员或者增加代理记账)，银行费用等。而如果是公司增加设立一家子公司公司，在母公司做报表的时候，财务的工作量或者代理记账的记账费用，也会有所增加，这些都是额外增加的成本。
风险不同
对于一家公司而言，股东所承担的风险一般是以认缴的出资额为限的。什么概念呢，也就是说，如果一家公司股东认缴注册资本30万元，那么作为股东一般最大承担的风险就是30万元。但是这种情况有两个尴尬的地方：第一，如果公司财产和股东财产混淆不清，就有可能会刺破公司面纱，要求自然人股东个人承担无限责任;第二，如果公司因为某种业务需要(最常见的如招投标)，认缴注册资本远大于自然人股东可以承担的上限，那自然人股东也会因此而受到不必要的损失。而这两个风险，都可以通过在自然人股东和公司之间嫁接一层认缴注册资本较小的公司来解决。
资金投入不同
对于自然人而言，在需要设立多家公司的情况下，如果每家公司都需要认缴一定的注册资本，而且每家公司都需要投入一定的运营资金。在这种情况下，分别投入资金，可能会带来现金流压力。而如果通过其中一家已经有了一定现金流的公司作为公司股东，然后向下设立子公司，然后投入现金，就可以解决这个问题。
收益纳税不同
这一点很多回答者都已经提到了，也就是如果是自然人股东的话，分红的时候需要缴纳的是20%的税。而如果是法人股东的话，需要缴纳的是企业所得税25%。但是其实这个问题可以通过很多种方式解决，特别是在现在公司分红本身如此困难的情况下。一般分红都是通过报销的方式，可以同时规避掉很大一部分个人所得税和企业所得税。
总结
所以说，要选择自然人还是法人作为股东，存在成本、风险、资金投入以及收益纳税四点不同，至于要选择哪种，更重要的看要设立的公司要从事的目的而定的，除了以上四项，可能还会有一些其他考虑，比如业务板块分类、关联关系非关联化、主营业务体外“藏”收入等等。
